Ziemia zmieniła się. Minęło dwadzieścia lat od chwili, gdy światowi przywódcy zakończyli wojnę z obcymi, podpisując akt bezwarunkowej kapitulacji. XCOM, ostatnia linia obrony naszej planety, został zdziesiątkowany i rozbity. Teraz, w XCOM 2, Ziemią władają obcy. Budują lśniące miasta, w których proponują ludzkości świetlaną przyszłość, ale pod tym płaszczykiem kryją się ich straszliwe plany, a każdy, kto sprzeciwia się nowemu porządkowi, zostaje bezlitośnie zlikwidowany.